D’une manière générale, la réalisation du projet contribue à augmenter les connaissances relatives à la biodiversité animale dans les milieux montagnards et en particulier dans les hydrosystèmes.
Un résultat indirect sera la création d’une base de données cartographiques dynamique indispensable à la coordination des politiques de protection des hydrosystèmes montagnards et de gestion de l’ichtyofaune sauvage qui constitue un indicateur de fonctionnalité écologique des milieux.

Les objectifs principaux du projet, comme résumés dans son intitulé, sont:

- identifier et localiser les populations de truites autochtones dans les cours d’eau de la Vallée d’Aoste et de la Haute-Savoie ;
- mettre en place rapidement des mesures de conservation des populations autochtones restantes visant à protéger ce patrimoine écologique unique ;
- étudier les principaux aspects de la biologie et de la dynamique de ces populations autochtones restantes ;
- décrire précisément les milieux par l’intermédiaire de différents indicateurs (hydrobiologique, physico-chimiques, physique, anthropique, hydrologique, morphologique et géographique) afin d’apprécier leur état de fonctionnalité ;
- reconstruire, dans les milieux adéquates, des populations naturelles à partir des populations autochtones repérées ;
- proposer des stratégies de gestion durable de la ressource et évaluer l’efficacité de ces stratégies de protection, de gestion et de réhabilitation de populations de truites naturelles en torrents nord-alpins ;
- mettre au point un programme de formation pour diffuser, auprès des gestionnaires directs des cours d’eau, des savoir-faire opérationnels de gestion du patrimoine truite en Vallée d’Aoste et en Haute Savoie ;
- divulguer les résultats et faire connaître ce patrimoine auprès des élus et des administrations concernées ;
- augmenter la collaboration entre pêcheurs, gestionnaires, scientifiques et décideurs afin d’aboutir à une gestion cohérente et concertée des milieux aquatiques montagnards nécessaire à la sauvegarde du patrimoine naturel ;
- mettre en place des outils réglementaires de protection et de valorisation des milieux sensibles (Protection de biotope, plan de gestion) afin de garantir les efforts de gestion entrepris.