La Vallée d'Aoste et la Haute-Savoie possèdent un territoire et un réseau hydrographique avec de nombreuses caractéristiques communes (climat, anthropisation et typologie de pêche).


Les pratiques de gestion halieutiques ont été presque identiques en France et en Italie avec des repeuplements massifs et répétés depuis près d'un siècle en utilisant des truites domestiques non indigènes.

Les populations de truites autochtones (Salmo trutta appartenant au rameau évolutif méditerranéen en Haute-Savoie et Salmo trutta marmoratus dans la Vallée d'Aoste) ont été fortement affaiblies et seules des populations très localisées arrivent à boucler naturellement leur cycle de vie sur le long terme.

La situation actuelle montre qu'il est urgent de repérer, tant qu'il y en a encore, les populations autochtones fonctionnelles restantes et de décrire les milieux qui les abritent.
Les outils génétiques modernes permettant de réaliser ce repérage, il devient alors possible d'envisager des stratégies de gestion durable visant à renverser la tendance et ainsi éviter la disparition des populations autochtones.