Le projet associe écologie et génétique à plusieurs échelles en intégrant les questionnements des gestionnaires. Les actions sont engagées sur différents axes:

1. analyse de données de distribution cartographiques et historiques;

Cette phase initiale du projet a permis de :
- récolter les documents bibliographiques existants (publiés ou non) sur le sujet au niveau européen et à en faire la synthèse;
- réaliser conjointement une enquête sur les pratiques de gestion en cours et leur évolution historique (pression de pêche et réglementation de la pêche, pratiques de repeuplement: origines, stades, quantité et localisation spatio-temporelle, etc.);
- faire un premier bilan des travaux déjà réalisés ou en cours sur l’ensemble des cours d’eau haut-savoyards et valdôtains;
- essayer une première reconstitution des scénarios zoo-paléogéographiques.

2. échantillonages ciblés des populations naturelles par pêche électrique;

En total 299 stations (151 en France et 148 en Italie) ont été echantillonées avec électropêche à fin 2003 : le programme est en train de se perfectionner sur une sélection de sites en 2004. Dans chaque point d’échantillonage l’objectif final a été de saisir de façon non biaisée les truites atteignant le stade de reproducteur potentiel. Les truites ont étés échantillonnées par pêche électrique sur les stations soit en pêche de sondage (un passage jusqu’à l’obtention du nombre minimum requis) soit dans le contexte de pêche d’inventaire de populations (2 passages, méthode de Lury pour l’évaluation des densités et des biomasses).

Les données recueillies sont:
- longueur à la fourche et longueur totale;
- poids de l’individu dans le cas des inventaires;
- sexe et état de maturité sexuelle (si possible);
- prise d’écailles dans la zone standardisée pour les salmonidés.
- récolte de la nageoire adipeuse (ou d’une fraction de nageoire pelvienne) en vue des analyses génétiques.

Une image de chaque poisson a été prise avec caméra digitale à haute définition ou diapositive en rendant simultanément visible, le côté gauche de la truite, son numéro de référence et une échelle de longueur.
L’ensemble des données collectées sera placé dans une base de données informatisée regroupante les échantillons recueillis par pêche électrique mais pouvant également intégrer de façon différenciée des échantillons recueillis dans les captures par des pêcheurs.

3. analyse du matériel génétique des populations échantillonnées pour séparer les composantes des différentes populations;

Les données collectées permettront de déterminer la composition génétique des truites adultes dans les populations échantillonnées.
Une première phase a permis d’éliminer les sites où les truites autochtones sont absentes ou seulement très faiblement présentes. Pour les sites restants l’ensemble des échantillons récoltés est étudié plus finement en utilisant l'analyse des microsatelites de l’ADN nucléaire afin de décrire le niveau de variabilité inter et intrapopulation autochtones. Ces études plus fines pourront impliquer l’étude de stations complémentaires ou des analyses plus fines en fonction de l’âge.
L’objectif majeur est de repérer l’existence de populations autochtones et tout particulièrement celles étant les moins introgressées (populations sources).
Les principales origines de truites utilisées pour le repeuplement des systèmes étudiés seront également échantillonnées pour génotypage.

4. analyse des données biologiques et écologiques des populations de truites afin d’évaluer leur état de fonctionnement;

Pour les stations inventoriées, le dénombrement des truites et la mesure de la surface des stations permettent actuellement des évaluations quantitatives (densité, biomasse) afin d’évaluer le niveau de fonctionnalité des populations. Des données démographiques complémentaires seront recueillies sur les principales populations sources repérées.
Les schémas de croissance des truites seront déterminés et comparés en fonction des milieux et des génotypes. Lorsque possible, les relations âge-taille-maturité sexuelle des différents génotypes seront définies pour les deux sexes en vue d’évaluer les conséquences des choix des tailles légales de capture.

L’écologie et le fonctionnement des populations sources de truites autochtones en torrents sont en train d’être étudiés sur quelques sites ateliers. L’étude considère différentes caractéristiques de la biologie des truites et surtout :
- le fonctionnement de la fraie (dénombrement et caractéristiques des frayères, description des habitats et des micro-habitats de fraie, localisation spatio-temporelle, facteurs limitants) ;
- les interactions truite migrantes-truites sédentaires (cours d’eau haut-savoyards affluents de lacs Léman, Annecy et petits lacs voisins) ;
- l’impact des pratiques de repeuplement traditionnelles à travers l’analyse de la structuration génétique des populations en place et la confrontation avec les caractéristiques génétiques des truites utilisées pour le repeuplement;

5. analyse des principaux paramètres écologiques et physiques des milieux et inventaire des contraintes naturelles et anthropiques;

Pour chaque zone étudiée on prévoit:
- l'application de l’index de qualité biologique des cours d’eau (IBE - IBGN)
- description de la fonctionnalité écologique des cours d’eau et de leur qualité physique et biogénique (méthode CSP DR 5 en France, HQI en Italie);
- l'analyse ponctuelle en continu de facteurs physiques (température, débit);
- la recherche et la description synthétique des facteurs limitants principaux du milieu;
- l’analyse du cadre hydrologique et morphologique des territoires régionaux et la réalisation pour chaque cours d’eau d’une fiche hydrographique qui prévoit aussi les débits théoriques et le recensement des captages et des barrages.

6. suivi de l’efficacité des différentes stratégies de conservation et de réhabilitation de populations autochtones et planification de la gestion sur les sites présentant un intérêt patrimonial;

Deux types de stratégies seront conjointement testés sur des sites atelier :
- stratégies (prioritaires) de conservation et de renforcement des populations autochtones repérées (populations sources). Sur les sites où seront repérées des populations autochtones résiduelles fonctionnelles suffisamment fortes, la stratégie de zone sanctuaire (pas de repeuplement) sera prioritairement développée. Les populations les moins introgressées et les sites non recontaminables suffisamment vastes seront privilégiées;
- stratégies de reconstruction de populations autochtones. La reconstruction de populations viables à partir de populations sources non vulnérables, est une des applications directes de l’étude pour la gestion des milieux et les peuplements. Sur des sites aptes à soutenir une production naturellement renouvelée de truites sédentaires mais non naturellement recolonisables par une population autochtone préexistante, des stratégies de réhabilitation sont ou seront testées. Il s’agit de relâcher temporaires utilisant soit des stades précoces (alevins vésiculés ou nourris quelques semaines) issus de stocks de géniteurs captifs constitués à d’œufs issus de géniteurs génotypés capturés dans les populations sources peu introgressées soit des transferts temporaires de géniteurs autochtones entre zones excédentaires de populations sources peu ou pas introgressées et torrents déficitaires du même type géographiquement proche.

La dynamique de reconstitution puis de renouvellement naturel de ces nouvelles populations sera suivie grâce à des campagnes de marquages de l’ensemble des individus introduits dans le milieu naturel (fluoromarquage des otolithes, marques Pittags) de génotypages et de suivis démographiques.
Les stratégies de gestion validées sur les sites atelier seront transférées à plus grande échelle dans le cas de situations et de milieux équivalents.
La reconstitution de populations autochtones par le biais de repeuplement de réhabilitation ne suffit pas à elle seule à assurer la sauvegarde de ce patrimoine naturel. Il est absolument nécessaire d’agir sur les facteurs limitants et en particulier anthropiques pour préserver les milieux naturels de valeur patrimonial aptes à abriter des populations fonctionnelles de truites sauvages.

Ainsi, on prévoit des:
- propositions de modifications d’objectifs et de règles de gestion ;
- propositions de modifications (réglementation, texte de loi spécifique) axées sur la conservation et la gestion des populations autochtones et de leurs écosystèmes ;
- préconisations sur la base de données fiables permettant une harmonisation entre la préservation des milieux et l’utilisation anthropique des espaces naturels notamment sur le plan hydraulique (centrale hydro-électrique, travaux hydrauliques, etc.) ;
- planifications des actions des gestionnaires à travers la mise en place de plans de gestion piscicole et de plans de protection et de préservation des milieux.

7. mise au point de textes réglementaires concernant la pratique de l’activité pêche, la protection des populations autochtones et de leurs milieux de vie;

Les gestionnaires ont besoin de disposer d’outils permettant d’élargir et d’étendre l’avant repérage des populations autochtones résiduelles et des suivis des modes de gestion mis en oeuvre.
Des mesures d’aménagements du milieu et de gestion de la pression de pêche (parcours spécifiques, rôle de la taille légale, réserves) viendront appuyer la démarche de conservation focalisée sur des facteurs identifiés comme limitants.
L’impact de la pêche sera abordé par l’analyse des relations génotype – âge – croissance - maturité sexuelle à la fois dans la population en place et parmi les truites pêchées échantillonnage des captures en distinguant les différentes techniques de pêche.
Des indications précises d’ajustement de l’effort de pêche gestion seront produites comme (taille minimale de capture et nombre maximum de poisson qui peuvent être pêchés), en particulier pour assurer une protection des populations sources repérées.

8. formation ciblée des gestionnaires, des pêcheurs et des élus;

La formation représente une phase clef du programme puisque qu’on vise à lier résultats et mise en application en assurant une continuité opérationnelle au projet.

9. mise en place d’un plan de communication;

Les informations sur le déroulement, les résultats et la mise en application du programme seront relayées par l’intermédiaire :
- de fiches et notes techniques de vulgarisation à destination du grand public, des élus et des administrations (rapports, plaquette, dépliants);
- du site Internet franco-italien spécialement créé pour le programme;
- un film franco-italien de courte durée illustrant l’objectif, le déroulement et la mise en application du programme (un extrait du film sera également disponible sur le site) (2005);
- de réunions de présentations du programme à destinations des pêcheurs, des élus concernés et du personnel administratif;
- des assemblées générales annuelles des associations de pêche qui sont un bon moyen pour intéresser les membres de base;
- de publications scientifiques destinées aux organismes de recherches et organismes techniques spécialisés dans les études des milieux aquatiques ;
- d’articles dans la presse française et italienne ;
- d’un colloque franco-italien de restitution des résultats en fin de programme (2005).