Les populations hautes-savoyardes et valdôtaines de truites ont souvent été étudiées trop globalement pour permettre une analyse pertinente de leurs caractéristiques. En effet, ces populations peuvent présenter diverses composantes selon l’origine du recrutement (naturel et/ou repeuplement), leur génotype (forme atlantique, méditerranéenne, marbrée ou hybride) ou écotype (truite sédentaire en torrent, migrant en lac ou dévalantes).

Les outils scientifiques sont utilisés dans le projet pour approfondir les connaissances sur les populations de poissons sur le plan génétique, écologique et biologique, et pour apprécier l’état fonctionnel des milieux par le biais de plusieurs descripteurs.

Le programme scientifique est donc basé sur trois échelles complémentaires de travail (génétique, écologie - biologie des populations et description des milieux) et s’engage sur trois axes principaux :
- évaluation de la distribution spatiale des populations autochtones et de leur état (fonctionnel, dégradée, menacée, remplacée) et reconstruction des scénarios zoo-paléogéographiques de colonisation des territoires.
- meilleure connaissance des aptitudes, du fonctionnement et de principaux facteurs limitants des populations autochtones.
- évaluation de stratégies de conservation et de réhabilitation de populations autochtones basées sur des données scientifiques.

Les connaissances acquises dans le projet seront directement utilisées dans la gestion des hydrosystèmes des deux versants alpins.